Arheološka zbirka sadrži predmete iz perioda od 10.000 godina pre nove ere do XIV veka nove ere. Kao takav, arheološki fond se može podeliti na praistorijsku, antičku i srednjevekovnu zbirku predmeta, sa ukupnim brojem od oko 7.000 predmeta.
Praistorijsku zbirku čine predmeti iz perioda:
–Mezolit (8.000 – 5.000 god. p.n.e.). To su uglavnom alatke od kosti i rogova životinja. Najznačajniji lokalitet ovog perioda je „Kula“ kod Mihajlovca, sa kog je i većina predmeta koji pripadaju ovom periodu.
–Neolit – mlađe kameno doba (5.500 – 3.300 god.p.n.e.), zastupljeno je sudovima od pečene zemlje, zdelama i loncima većih dimenzija. Osim keramike, česti su i nalazi koštanih alatki, batova, sekira, igli, amuleta od zemlje i kamena.
–Eneolit (3.300 – 2.000 god.p.n.e.) je period rane metalurgije. Sa pronalaskom bakra na lokalitetu Rudna Glava, na naše prostore dolaze i predmeti izrađeni od tog metala, ali ima i keramike (žrtvenik).
–Bronzano doba (2.000-1.000 god.p.n.e.) je zastupljeno primercima nakita, oruđa i oružja, ali i keramikom, koja se još uvek radi rukom (urne i druge posude raznih dimenzija).
–Starije gvozdeno doba (1.000 – 500 god.p.n.e.), kao i mlađe gvozdeno doba (500 god.p.n.e. – I vek n.e.), poznato kao Keltski Laten, zastupljeni su predmetima od gvožđa različit tehnološke obrade (oružje, nakit), kvalitetnijom keramikom, ali i novcem.
Antička zbirka pre svega podrazumeva predmete iz perioda dominacije Rimljana i njihove civilizacije na ovom prostoru. Od dolaska Marka Licinija Krasa 28. god.p.n.e., pa u narednih nekoliko vekova, duž obale Dunava, ali i u njegovom zaleđu biće stacionirani Rimljani. Upravo sa tih mesta, a u okviru teritorijalne nadlažnosti Muzeja Krajine, naša zbirka će postati jedna od najreprezentativnijih, sa predmetima od onih najbitnijih do najluksuznijih. Ova zbirka podrazumeva predmete od keramike (razne posude, žrtvenici), kamena (arhitektonska plastika, statue, nadgrobni spomenici…), metala (oruđe, oružje, sitna zoomorfna i antropomorfna plastika, razne posude, nakit, novac). Za vreme vladavine Rimljana na ovom prostoru, pa i rane Vizantije (IV,V,VI vek n.e.), mnoga plemena i narodi su prohujali preko naše teritorije i nađeno je dosta predmeta koji pripadaju Gotima, Hunima, Avarima, Slovenima… to je uglavnom oružje, keramika i nakit.
Srednjevekovna zbirka podrazumeva predmete iz perioda od VII veka (najranije doseljavanje Slovena) do XIV veka. Nalazi potiču i iz srednjevekovnih naselja, ali i sa nekropola. Zastupljeni su oruđe, oružje, novac, nakit, kamena plastika i dr.
Istočna Srbija i Negotinska Krajina u antropološkom i etnološkom smislu predstavljaju najznačajniju oblast za istraživanje. Zanimljivost ovih krajeva je što ovde živi mešano srpsko i vlaško stanovništvo, kod kojeg je sačuvano mnogo običaja, čiji se koreni često nalaze u predhrišćanskom vremenu. Neki od običaja i danas mogu da se prepoznaju u izmenjenim oblicima u svakodnevnom životu, ali im je funkcija ista. Zato istočna Srbija i Negotinska Krajina predstavljaju izuzetno područje za etnološko istraživanje.
Muzej Krajine u Negotinu ima bogatu etnološku zbirku kao svedočanstvo raznovrsnosti i bogatstva materijalne i duhovne kulture ovoga kraja. U muzejskim postavkama može da se vidi deo te značajne zbirke. Izloženi su predmeti iz tekstilne zbirke, kao što su stari zanati, predmeti od drveta i keramike.
Etnološki eksponati grupisani su u dve celine: grupu predmeta koji ilustruju seoski život i privređivanje i grupu koja prikazuje predmete iz gradskog života, zanata i trgovine. Na taj način može da se dobije približna slika seoskog i gradskog života u Krajini u XIX i XX veku.
Među eksponatima koji ilustruju seoski život i privredu najviše je predmeta koji se odnose na tradicionalno vinogradarstvo, domaću radinost i zemljoradnju.
U prostoru koji se odnosi na gradski život najviše ima predmeta koji svedoče o starim zanatima, odevnih predmeta i nakita. Tu su i predmeti pokućanstva karakteristični za staru negotinsku gradsku kuću XIX i XX veka.
Etnološki fond ima nekoliko zbirki, koje su formirane na osnovu vrste materijala. To su:
-zbirka tekstilnog materijala
-zbirka keramičkih i staklenih predmeta
-zbirka predmeta od metala
-zbirka drvenih predmeta
-zbirka nakita
-zbirka fotografija
Formiranje istorijskog fonda vezuju se za 1934. godinu, kada je udaren temelj ovoj ustanovi. Od tada započinje mukotrpni rad na prikupljanju, čuvanju i sistematizovanju predmeta koji će činiti osnovu prvoformiranim zbirkama među kojim je bila i istorijska. Vremenom se, u okviru istorijske, izdiferenciralo nekoliko zbirki: zbirka oružja i pribora iz 19. veka, zbirka oružja i pribora iz 20. veka, zbirka ordenja i odlikovanja, zbirka starih zastava, zbirka Stevana Mokranjca, zbirka fotografija iz 19. veka, zbirka starih razglednica do 1945. godine, zbirka novih razglednica Negotina od 1945. godine, zbirka fotografskog pribora 19. veka, zbirka starog papirnog novca, zbirka starih čestitki i zbirka starih znački.
U sastavu zbirke oružja i pribora iz 19. veka nalazi se hladno i vatreno oružje, kao i odgovarajući pribor za njegovo održavanje: jatagani, podjednako su zastupljeni „belosapci“ i „crnosapci“, sablje, iz vremena od kraja 18. veka, pa do primerka koji je verovatno pripadao turskoj konjici iz vremena reformi Mahmuda II; pištolji koji se danas čuvaju u zbirkama negotinskog muzeja predstavljaju tipične primerke zanatskih radionica Balkana i spadaju u najzastupljenije vrste u prvoj polovini 19. veka, u zbirci se nalaze pištolji „prizrenci”, „kubure pećanke”, „celine debarske”, ali i oružje uvezeno iz severozapadnih radionica Evrope; značajan deo zbirke čini oružni pribor: rogovi za barut, fišeklije (pripojasnice), enamluci, mazalice i harbije; najvrednije eksponate u zbirci čine dva topa. U istorijskim zbirkama je veoma retko oruđe iz vremena Prvog i Drugog ustanka, tako da ova dva topa, pogotovo što imaju i delimično sačuvane lafete, predstavljaju svojevrsne raritete.
Zbirka oružja iz 20. veka obuhvata: mitraljeze, puške i pištolje; pribor za oružje i ratnu opremu koja sadrži: bajonete sa sečivom, kao i velike igle, bodeže, šlemove, fišeklije, gas masku, paradni šlem austrougraske vojske, generalske epolete i gajtane generala krajinca Petra Mišića, vojničku ispravu, vojničku aluminijumsku pločicu sa podacima o vojniku.
Zbirka oružja iz NOR-a 1941-1945. godine sadrži: pištolje, puške, mitraljeze i jedan automat.
Zbirka ordenja i odlikovanja Muzeja Krajine je s kraja 19. i prve polovine 20. veka, potiče iz Srbije i Crne Gore i dinastija: Obrenovića, Karađorđevića i Petrovića. Najznačajniji primerci su: orden Karađorđeve zvezde, odlikovanje Svetog Save prvog reda, kao i odlikovanje Legije časti i engleski krst kraljice Viktorije. Odlikovanja su u muzej dospela najčešće putem poklona i otkupa i danas ih ima 115 komada, najviše srpskih, ali i ordenja susednih naroda.
Zbirka starih zastava sadrži dve zastave negotinskih pevačkih društava, iz prve polovine 20. veka: Negotinskog pevačkog društva „Hajduk Veljko“ iz 1903. godine i Radničkog pevačkog društva „Krajina“ iz 1926. godine.
Zbirka starih znački je skromna zbirka, koja sadrži značke raznih udruženja, preduzeća i sportskih klubova. U zbirci starih značaka ima 40 komada.
Zbirka Stevana Mokranjca sadrži originalne predmete, ali i kopije. Od dokumentacije u njoj se nalaze originalna pisma i razglednice sa putovanja Stevana Mokranjca po Evropi. Tu su originalne fotografije porodice Mokranjac i porodice Predić, iz koje potiče Mokranjčeva supruga Marija, zatim foto postavka o Stevanu Mokranjcu u švajcarskom društvu „Mokranjac“, foto album pevačkog društva „Mokranjac“ iz Skoplja, album za fotografije koji je Mokranjac doneo Mariji – Mici iz Nemačke, pozivnica za Micino i Stevino venčanje, album sa telegramima povodom venčanja Mice i Stevana, rodoslov porodice Stojanović – Mokranjac, Mokranjčeve razglednice i dopisne karte, mapa – hronološki prikaz koncerata BPD-a sa dirigentom Mokranjcem u zemlji i inostranstvu, lente sa sahrane Stevana Mokranjca, razna dokumentacija koja se vezuje za festival „Mokranjčevi dani“, kao i za rad odbora za postavljanje spomen biste Stevana Mokranjca (1934-1938; 1953).
Zbirka fotografija iz 19. veka potiče od sedamdesetih godina 19. veka do početka 20. veka. Fotografije su raznih formata, od 40h60 cm do vizit portreta. Fotografije potiču iz foto ateljea raznih gradova Srbije, ali i iz gradova susednih država.
Zbirka fotografija iz 20. veka uglavnom sadrži fotografije iz foto ateljea srpskih gradova, ali ima ih i iz gradova stranih država. Veliki broj fotografija 19. i 20. veka je bez podataka o ličnostima i godinama izrade. Zbirka originalnih fotografija ima oko 3.200 komada.
Zbirka fotokamera i pribora sadrži foto kameru s kraja 19. veka, negativ, okvire i stare foto albume iz 19. i 20. veka.
Zbirka negativa sadrži preko 400 filmova.
Zbirka starih razglednica do 1945. godine, koja se sastoji od razglednica Negotina, ali i drugih gradova Srbije i južnoslovenskih gradova. Zbirka sadrži 120 razglednica. Tu su štampane, kao i foto razglednice s početka 20. veka.
Zbirka razglednica od 1945. godine, koja se uglavnom odnosi na Negotin, ali i na neke druge gradove u Srbiji. Razglednice su crno – bele i u koloru.
Zbirka starog papirnog novca sadrži srpski novac, ali i novac evropskih država 19. i 20. veka. Sadrži oko 1.050 komada, najviše iz: Srbije, Jugoslavije, Rusije, Nemačke, Austrougarske, Rumunije, Mađarske, Italije i Grčke.
Zbirka starih čestitki sadrži razne čestitke, uglavnom novogodišnje, i to iz 20. veka, ima ih 130 komada.
Inicijativni odbor za osnivanje Muzeja u Negotinu, u kontekstu obeležavanja stogodišnjice oslobođenja Timočke Krajine 1933. godine, u Pravilima Gradskog muzeja, u članu 3. između ostalog predviđa i prikupljanje karakterističnih slika i snimaka u vezi sa značajnim ličnostima iz Krajine, kao i slike i snimke krajinskih predela. Tada je i umetnička zbirka, u okviru muzeološke delatnosti, postavila svoj temelj. Takođe, u Pravilima Gradskog muzeja, u članu 10, nalaže se da će svako odeljenje imati svog kustosa, koji će se birati iz redova ljudi koji su upoznati sa redom i čuvanjem dotičnih odeljenja i da će se on odabrati kada odeljenje prikupi predmete u dovoljnoj meri. Muzej je 1957. godine dobio prvog istoričara umetnosti Roksandu Stefanović. Nakon duže pauze, od 1996. do 2009. godine, brigu o zbirci preuzima istoričar umetnosti Danica Dimiresković – Papalucić.
Eksponati su dospevali u Muzej na različite načine. Pored redovnih otkupa, za razvoj zbirke od velikog značaja su i pokloni plemenitih darodavaca, u koje spadaju i sami autori, građani, kao i Narodni odbor opštine i sreza. Neki od potpisnika osnivačkih pravila Muzeja i sami su sakupljali arheološke i umetničke raritete iz kulturnih ili nekih drugih pobuda, te su i tako obogaćivali muzejske zbirke. Među njima se ističu Stojan Mladenović i Petar Tipa. Tako je formiran i profil zbirke koju čine tematski raznovrsne slike – od religioznih, istorijskih i žanr scena do portreta, pejzaža i mrtve prirode. Slike su nastale u drugoj polovini 19, tokom 20, kao i početkom 21. veka, u najraznovrsnijim tehnikama: ulje na platnu, akvarel, tempere, pastel, kombinovane tehnike… Zbirka je znatno obogaćena nakon Drugog svetskog rata. Iako malobrojna, zauzima bitno mesto među ostalim zbirkama.
