Сакупљање и чување књига у Музеју Крајине започето је од оснивања Музеја. Услови за формирање библиотеке нису били лаки, јер средстава за куповину књига није било а недостајао је и простор за њихов смештај, једино је ентузијазам људи, који су радили на прикупљању музејског материјала, био велики.
Књижни фонд библиотеке Музеја Крајине настао је од првих поклона појединих професора, других лица и установа приспелих на име ”Градски музеј Хајдук Вељко” . Тако је музеј, 27. септембра 1934. године, добио прве публикације Земаљског музеја у Сарајеву, ”Гласник Земаљског музеја у Сарајеву”. Књиге из библиотеке Димитрија Сечанског, неготинског адвоката, поклоњене су музеју, углавном су то књике о праву и закони из 19. века. Љубица Радојевић, жена Милана Радојевића, који је био просветни радник, школски надзорник, један од оснивача музеја и најагилнији сакупљач старина за музеј, завештала је својим тестаментом 1949. године, поред осталог и библиотеку са орманом свог почившег супруга са 790 старих књига и часописа. Међу дародавцима налазе се и бивши радници музеја Драгослава Стојановић, етнолог-кустос и Никола Плавшић, историчар-виши кустос Музеја Крајине, као и Саша Стефановић, син Душана В. Стефановића радника музеја од 1950. до 1954. године и ликовног уметника који је на својим сликама сачувао дух старог Неготина и свог завичаја. Сакупљале су се и на поклон добијале књиге из музеологије, завичајне књиге, белетристика. Фонд библиотеке знатно се увећавао и путем размене публикација са другим установама културе у земљи. Данас се врши размена са 47 установа које се баве заштитом културних добара, и ово је најчешћи вид повећавања књижног фонда.
Библиотечка грађа несређена и нередовно евидентирана, налазила се на местима која нису била предвиђена за смештај ове врсте грађе. Књиге су биле смештене у депоима за слике и етнолошки материјал. Посебан простор за смештај библиотечке грађе, према Летопису Народног музеја Крајине, одељење библиотеке добија 1952. године, када се музеј сели у зграду трговца Душана Јотића у којој се и данас налази. Данас је библиотека смештена на спрату управне зграде Музеја Крајине у просторији од 12 метара квадратних, где се налази актуелна књижна грађа.
У Мокрањчевој родној кући налазе се књиге из периода у коме је композитор живео, претежно правна литература адвоката Димитрија Сечанског и књиге штампане у првој половини 19. века на славеносрпском језику.
У сталној поставци Музеја Хајдук Вељка изложене су публикације о Првом српском устанку и Вељку Петровићу, крајинском војводи и борцу прве српске револуције (1804-1813), чије је јунаштво опевано и слављено подједнако у народној традицији, усменој књижевности и уметничкој књижевности.
Први извештај о броју књига и предмета које ”Градски музеј Хајдук Вељко” поседује прочитан је на Скупштини Музејског друштва 2. јула 1937. године. Према том извештају музеј има 81 књигу, а две године касније пописана је 91 публикација. Данас фонд библиотеке Музеја Крајине има укупно 5896 јединица.
Стручна библиотека у музејима комплексног типа, какав је наш музеј, прати захтеве набаке литературе из области археологије, историје, етнологије, историје уметности, нумизматике, конзервације. Садржина литературе је пре свега везана за Тимочку Крајину и њено окружење. Најстарија штампана монографска публикација, која се налази у нашој библиотеци је ”Цвет невиности или Добривој и Александра” коју је сачинио Еустахие Михаилович. Штампана је 1824. године у Пешти. У нашој библиотеци се чува свезак песама у рукопису Петра А. Типе, једног од оснивача Музеја ”Хајдук Вељко” и завештаоца своје куће музеју у којој се данас налази Историјски архив, које је повремено објављивао у локалној штампи под псеудонимом Каменко Ускрсовић.
Библиотека има више од 100 наслова серијских публикација које омогућавају праћење савремених токова научног рада. У њој можете наћи комплете часописа који излазе више од једног века, попут Старинара, најстаријег српског стручног археолошког часописа, који је покренут давне 1884. године. Развитак, часопис за друштвена питања, културу и уметност, излази од 1961. године и документарно бележи догађаје ближе и даље прошлости, друштвени и културни развој Тимочке Крајине, социолошка, историјска, етнолошка и друга истраживања, и мноштво других часописа, тако да је наша библиотека несумљив извор информација за домаће истраживаче.
Библиотека има богату збирку старих новина које су излазиле у Србији у 19. и 20. веку. Из богате библиотечке збирке издвајамо: Србске новине, (1846-1847), Пешта, Српске илустроване новине, (1881-1882), издање и власништво штампарије А. Перовића у Новом Саду, Видело, (1891-1894), Орган српске напредне странке – Београд, Рад, (1948-1950), Новинско предузеће ”Рад” Београд, Наш живот, (1951), Обласни одбор Народног фронта Зајечар, Књижевне новине, (1950), Орган савеза књижевника Југославије – Београд.
Бројни су наслови локалне штампе који су излазили у Неготинској Крајини од 1890. године. У фонду наше библиотеке можете наћи следеће наслове: Крајинац, Орган крајинских радикала, неколико бројева из 1903. и 1905. године, Дрндало, лист за шалу и забаву, (1928-1929), власник и одговорни уредник Живојин Љ. Јаковљевић, Гласник Вељкове Крајине, лист за културно и економско подизање Вељкове Крајине, (1934 – 1937), издавач и и власник Радослав Љ.Романов, Крајинске новости, (1930 – 1935), власник и одговорни уредник доктор Александар Тодоровић, Крајински гласник, (1933-1934), власник и издавач Живојин Љ. Јаковљевић, Крајина, (1952-1960), власништво среског и градског одбора ССРН-а Крајинског среза, Крајина, (1979-1991), издавач Радна организација за информативну издавачку делатност ”Крајина” Неготин.
У сталној поставци Музеја Крајине изложени су поједини бројеви локалне штампе који су излазили у Неготину крајем 19. века (Крајинац, Орган крајинских радикала, од 15. маја 1893. године) и почетком 20. века (Крајинац, радикални орган, од 6. јула 1903. и Крајинац, Орган крајинских радикала, од 29. априла 1906. године), који нам документују развој политичког живота у Неготинској Крајини.
Од 2015. године одељење библиотеке преузима бригу о сликовној грађи коју већим делом чине фотографије, разгледнице, штампани сликовни материјал Неготина и Крајине, као и знаменитих личности Србије. Међу ауторима фотографија, које се налазе у Музеју Крајине, који су документовали важне догађаје у другој половини 19. и првој половини 20. века су: Анастас Јовановић, Петар Ђ. Јовановић, Драгомир П. Јовановић, Сотир Михајловић, Михајло Шљивић, Алојз Полак и други. Поред наведених аутора треба спомеути и Неготинца, професора и ректора Београдског универзитета Ђорђа Станојевића који је дао значајан допринос популаризацији и развоју фотографије у Србији.
Књиге се користе само у просторијама музеја. Стручну литературу из области археологије, историје, историје уметности и етнологије углавном користе запослени стручњаци Музеја Крајине, али и други грађани, истраживачи, ђаци, студенти са захтевима из различитих области наше завичајне историје.
