Археолошка збирка садржи предмете из периода од 10.000 година пре нове ере до XIV века нове ере. Као такав, археолошки фонд се може поделити на праисторијску, античку и средњевековну збирку предмета, са укупним бројем од око 7.000 предмета.
Праисторијску збирку чине предмети из периода:
–Мезолит (8.000 – 5.000 год. п.н.е.). То су углавном алатке од кости и рогова животиња. Најзначајнији локалитет овог периода је „Кула“ код Михајловца, са ког је и већина предмета који припадају овом периоду.
–Неолит – млађе камено доба (5.500 – 3.300 год.п.н.е.), заступљено је судовима од печене земље, зделама и лонцима већих димензија. Осим керамике, чести су и налази коштаних алатки, батова, секира, игли, амулета од земље и камена.
–Енеолит (3.300 – 2.000 год.п.н.е.) је период ране металургије. Са проналаском бакра на локалитету Рудна Глава, на наше просторе долазе и предмети израђени од тог метала, али има и керамике (жртвеник).
–Бронзано доба (2.000-1.000 год.п.н.е.) је заступљено примерцима накита, оруђа и оружја, али и керамиком, која се још увек ради руком (урне и друге посуде разних димензија).
–Старије гвоздено доба (1.000 – 500 год.п.н.е.), као и млађе гвоздено доба (500 год.п.н.е. – I век н.е.), познато као Келтски Латен, заступљени су предметима од гвожђа различит технолошке обраде (оружје, накит), квалитетнијом керамиком, али и новцем.
Античка збирка пре свега подразумева предмете из периода доминације Римљана и њихове цивилизације на овом простору. Од доласка Марка Лицинија Краса 28. год.п.н.е., па у наредних неколико векова, дуж обале Дунава, али и у његовом залеђу биће стационирани Римљани. Управо са тих места, а у оквиру територијалне надлажности Музеја Крајине, наша збирка ће постати једна од најрепрезентативнијих, са предметима од оних најбитнијих до најлуксузнијих. Ова збирка подразумева предмете од керамике (разне посуде, жртвеници), камена (архитектонска пластика, статуе, надгробни споменици…), метала (оруђе, оружје, ситна зооморфна и антропоморфна пластика, разне посуде, накит, новац). За време владавине Римљана на овом простору, па и ране Византије (IV,V,VI век н.е.), многа племена и народи су прохујали преко наше територије и нађено је доста предмета који припадају Готима, Хунима, Аварима, Словенима… то је углавном оружје, керамика и накит.
Средњевековна збирка подразумева предмете из периода од VII века (најраније досељавање Словена) до XIV века. Налази потичу и из средњевековних насеља, али и са некропола. Заступљени су оруђе, оружје, новац, накит, камена пластика и др.
Источна Србија и Неготинска Крајина у антрополошком и етнолошком смислу представљају најзначајнију област за истраживање. Занимљивост ових крајева је што овде живи мешано српско и влашко становништво, код којег је сачувано много обичаја, чији се корени често налазе у предхришћанском времену. Неки од обичаја и данас могу да се препознају у измењеним облицима у свакодневном животу, али им је функција иста. Зато источна Србија и Неготинска Крајина представљају изузетно подручје за етнолошко истраживање.
Музеј Крајине у Неготину има богату етнолошку збирку као сведочанство разноврсности и богатства материјалне и духовне културе овога краја. У музејским поставкама може да се види део те значајне збирке. Изложени су предмети из текстилне збирке, као што су стари занати, предмети од дрвета и керамике.
Етнолошки експонати груписани су у две целине: групу предмета који илуструју сеоски живот и привређивање и групу која приказује предмете из градског живота, заната и трговине. На тај начин може да се добије приближна слика сеоског и градског живота у Крајини у XIX и XX веку.
Међу експонатима који илуструју сеоски живот и привреду највише је предмета који се односе на традиционално виноградарство, домаћу радиност и земљорадњу.
У простору који се односи на градски живот највише има предмета који сведоче о старим занатима, одевних предмета и накита. Ту су и предмети покућанства карактеристични за стару неготинску градску кућу XIX и XX века.
Етнолошки фонд има неколико збирки, које су формиране на основу врсте материјала. То су:
-збирка текстилног материјала
-збирка керамичких и стаклених предмета
-збирка предмета од метала
-збирка дрвених предмета
-збирка накита
-збирка фотографија
Формирање историјског фонда везују се за 1934. годину, када је ударен темељ овој установи. Од тада започиње мукотрпни рад на прикупљању, чувању и систематизовању предмета који ће чинити основу првоформираним збиркама међу којим је била и историјска. Временом се, у оквиру историјске, издиференцирало неколико збирки: збирка оружја и прибора из 19. века, збирка оружја и прибора из 20. века, збирка ордења и одликовања, збирка старих застава, збирка Стевана Мокрањца, збирка фотографија из 19. века, збирка старих разгледница до 1945. године, збирка нових разгледница Неготина од 1945. године, збирка фотографског прибора 19. века, збирка старог папирног новца, збирка старих честитки и збирка старих значки.
У саставу збирке оружја и прибора из 19. века налази се хладно и ватрено оружје, као и одговарајући прибор за његово одржавање: јатагани, подједнако су заступљени „белосапци“ и „црносапци“, сабљe, из времена од краја 18. века, па до примерка који је вероватно припадао турској коњици из времена реформи Махмуда II; пиштољи који се данас чувају у збиркама неготинског музеја представљају типичне примерке занатских радионица Балкана и спадају у најзаступљеније врсте у првој половини 19. века, у збирци се налазе пиштољи „призренци”, „кубуре пећанке”, „целине дебарске”, али и оружје увезено из северозападних радионица Европе; значајан део збирке чини оружни прибор: рогови за барут, фишеклије (припојаснице), енамлуци, мазалице и харбије; највредније експонате у збирци чине два топа. У историјским збиркама је веома ретко оруђе из времена Првог и Другог устанка, тако да ова два топа, поготово што имају и делимично сачуване лафете, представљају својеврсне раритете.
Збирка оружја из 20. века обухвата: митраљезе, пушке и пиштоље; прибор за оружје и ратну опрему која садржи: бајонете са сечивом, као и велике игле, бодеже, шлемове, фишеклије, гас маску, парадни шлем аустроуграске војске, генералске еполете и гајтане генерала крајинца Петра Мишића, војничку исправу, војничку алуминијумску плочицу са подацима о војнику.
Збирка оружја из НОР-а 1941-1945. године садржи: пиштоље, пушке, митраљезе и један аутомат.
Збирка ордења и одликовања Музеја Крајине је с краја 19. и прве половине 20. века, потиче из Србије и Црне Горе и династија: Обреновића, Карађорђевића и Петровића. Најзначајнији примерци су: орден Карађорђеве звезде, одликовање Светог Саве првог реда, као и одликовање Легије части и енглески крст краљице Викторије. Одликовања су у музеј доспела најчешће путем поклона и откупа и данас их има 115 комада, највише српских, али и ордења суседних народа.
Збирка старих застава садржи две заставе неготинских певачких друштава, из прве половине 20. века: Неготинског певачког друштва „Хајдук Вељко“ из 1903. године и Радничког певачког друштва „Крајина“ из 1926. године.
Збирка старих значки је скромна збирка, која садржи значке разних удружења, предузећа и спортских клубова. У збирци старих значака има 40 комада.
Збирка Стевана Мокрањца садржи оригиналне предмете, али и копије. Од документације у њој се налазе оригинална писма и разгледнице са путовања Стевана Мокрањца по Европи. Ту су оригиналне фотографије породице Мокрањац и породице Предић, из које потиче Мокрањчева супруга Марија, затим фото поставка о Стевану Мокрањцу у швајцарском друштву „Мокрањац“, фото албум певачког друштва „Мокрањац“ из Скопља, албум за фотографије који је Мокрањац донео Марији – Мици из Немачке, позивница за Мицино и Стевино венчање, албум са телеграмима поводом венчања Мице и Стевана, родослов породице Стојановић – Мокрањац, Мокрањчеве разгледнице и дописне карте, мапа – хронолошки приказ концерата БПД-а са диригентом Мокрањцем у земљи и иностранству, ленте са сахране Стевана Мокрањца, разна документација која се везује за фестивал „Мокрањчеви дани“, као и за рад одбора за постављање спомен бисте Стевана Мокрањца (1934-1938; 1953).
Збирка фотографија из 19. века потиче од седамдесетих година 19. века до почетка 20. века. Фотографије су разних формата, од 40х60 cm до визит портрета. Фотографије потичу из фото атељеа разних градова Србије, али и из градова суседних држава.
Збирка фотографија из 20. века углавном садржи фотографије из фото атељеа српских градова, али има их и из градова страних држава. Велики број фотографија 19. и 20. века је без података о личностима и годинама израде. Збирка оригиналних фотографија има око 3.200 комада.
Збирка фотокамера и прибора садржи фото камеру с краја 19. века, негатив, оквире и старе фото албуме из 19. и 20. века.
Збирка негатива садржи преко 400 филмова.
Збирка старих разгледница до 1945. године, која се састоји од разгледница Неготина, али и других градова Србије и јужнословенских градова. Збирка садржи 120 разгледница. Ту су штампане, каo и фото разгледнице с почетка 20. века.
Збирка разгледница од 1945. године, која се углавном односи на Неготин, али и на неке друге градове у Србији. Разгледнице су црно – беле и у колору.
Збирка старог папирног новца садржи српски новац, али и новац европских држава 19. и 20. века. Садржи око 1.050 комада, највише из: Србије, Југославије, Русије, Немачке, Аустроугарске, Румуније, Мађарске, Италије и Грчке.
Збирка старих честитки садржи разне честитке, углавном новогодишње, и то из 20. века, има их 130 комада.
Иницијативни одбор за оснивање Музеја у Неготину, у контексту обележавања стогодишњице ослобођења Тимочке Крајине 1933. године, у Правилима Градског музеја, у члану 3. између осталог предвиђа и прикупљање карактеристичних слика и снимака у вези са значајним личностима из Крајине, као и слике и снимке крајинских предела. Тада је и уметничка збирка, у оквиру музеолошке делатности, поставила свој темељ. Такође, у Правилима Градског музеја, у члану 10, налаже се да ће свако одељење имати свог кустоса, који ће се бирати из редова људи који су упознати са редом и чувањем дотичних одељења и да ће се он одабрати када одељење прикупи предмете у довољној мери. Музеј је 1957. године добио првог историчара уметности Роксанду Стефановић. Након дуже паузе, од 1996. до 2009. године, бригу о збирци преузима историчар уметности Даница Димиресковић – Папалуцић.
Експонати су доспевали у Музеј на различите начине. Поред редовних откупа, за развој збирке од великог значаја су и поклони племенитих дародаваца, у које спадају и сами аутори, грађани, као и Народни одбор општине и среза. Неки од потписника оснивачких правила Музеја и сами су сакупљали археолошке и уметничке раритете из културних или неких других побуда, те су и тако обогаћивали музејске збирке. Међу њима се истичу Стојан Младеновић и Петар Типа. Тако је формиран и профил збирке коју чине тематски разноврсне слике – од религиозних, историјских и жанр сцена до портрета, пејзажа и мртве природе. Слике су настале у другој половини 19, током 20, као и почетком 21. века, у најразноврснијим техникама: уље на платну, акварел, темперe, пастел, комбиноване технике… Збирка је знатно обогаћена након Другог светског рата. Иако малобројна, заузима битно место међу осталим збиркама.
