Sakupljanje i čuvanje knjiga u Muzeju Krajine započeto je od osnivanja Muzeja. Uslovi za formiranje biblioteke nisu bili laki, jer sredstava za kupovinu knjiga nije bilo a nedostajao je i prostor za njihov smeštaj, jedino je entuzijazam ljudi, koji su radili na prikupljanju muzejskog materijala, bio veliki.

Knjižni fond biblioteke Muzeja Krajine nastao je od prvih poklona pojedinih profesora, drugih lica i ustanova prispelih na ime ”Gradski muzej Hajduk Veljko” . Tako je muzej, 27. septembra 1934. godine, dobio prve publikacije Zemaljskog muzeja u Sarajevu, ”Glasnik Zemaljskog muzeja u Sarajevu”. Knjige iz biblioteke Dimitrija Sečanskog, negotinskog advokata, poklonjene su muzeju, uglavnom su to knjike o pravu i zakoni iz 19. veka. Ljubica Radojević, žena Milana Radojevića, koji je bio prosvetni radnik, školski nadzornik, jedan od osnivača muzeja i najagilniji sakupljač starina za muzej, zaveštala je svojim testamentom 1949. godine, pored ostalog i biblioteku sa ormanom svog počivšeg supruga sa 790 starih knjiga i časopisa. Među darodavcima nalaze se i bivši radnici muzeja Dragoslava Stojanović, etnolog-kustos i Nikola Plavšić, istoričar-viši kustos Muzeja Krajine, kao i Saša Stefanović, sin Dušana V. Stefanovića radnika  muzeja od 1950. do 1954. godine i likovnog umetnika koji je na svojim slikama sačuvao duh starog Negotina i svog zavičaja. Sakupljale su se i na poklon dobijale knjige iz muzeologije, zavičajne knjige, beletristika. Fond biblioteke znatno se uvećavao i putem razmene publikacija sa drugim ustanovama kulture u zemlji. Danas se vrši razmena sa 47 ustanova koje se bave zaštitom kulturnih dobara, i ovo je najčešći vid povećavanja knjižnog fonda.

Bibliotečka građa nesređena i neredovno evidentirana, nalazila se na mestima koja nisu bila predviđena za smeštaj ove vrste građe. Knjige su bile smeštene u depoima za slike i etnološki materijal. Poseban prostor za smeštaj bibliotečke građe, prema Letopisu Narodnog muzeja Krajine, odeljenje biblioteke dobija 1952. godine, kada se muzej seli u zgradu trgovca Dušana Jotića u kojoj se i danas nalazi. Danas je biblioteka smeštena na spratu upravne zgrade Muzeja Krajine u prostoriji od 12 metara kvadratnih, gde se nalazi aktuelna knjižna građa.

U Mokranjčevoj rodnoj kući nalaze se  knjige iz perioda u kome je kompozitor živeo, pretežno pravna literatura advokata Dimitrija Sečanskog i knjige štampane u prvoj polovini 19. veka na slavenosrpskom jeziku.

U stalnoj postavci Muzeja Hajduk Veljka izložene su publikacije o Prvom srpskom ustanku i Veljku Petroviću, krajinskom vojvodi i borcu prve srpske revolucije (1804-1813), čije je junaštvo opevano i slavljeno podjednako u narodnoj tradiciji, usmenoj književnosti i umetničkoj književnosti.

Prvi izveštaj o broju knjiga i predmeta koje ”Gradski muzej Hajduk Veljko” poseduje pročitan je na Skupštini Muzejskog društva 2. jula 1937. godine. Prema tom izveštaju muzej ima 81 knjigu, a dve godine kasnije popisana je 91 publikacija. Danas fond biblioteke Muzeja Krajine ima ukupno 5896 jedinica.

Stručna biblioteka u muzejima kompleksnog tipa, kakav je naš muzej, prati zahteve nabake literature iz oblasti arheologije, istorije, etnologije, istorije umetnosti, numizmatike, konzervacije. Sadržina literature je pre svega vezana za Timočku Krajinu i njeno okruženje. Najstarija štampana monografska publikacija,  koja se nalazi u našoj biblioteci je ”Cvet nevinosti ili Dobrivoj i Aleksandra” koju je sačinio Eustahie Mihailovič. Štampana je 1824. godine u Pešti. U našoj biblioteci se čuva svezak pesama u rukopisu  Petra A. Tipe, jednog od osnivača Muzeja ”Hajduk Veljko” i zaveštaoca svoje kuće muzeju u kojoj se danas nalazi Istorijski arhiv, koje je povremeno objavljivao u lokalnoj štampi pod pseudonimom Kamenko Uskrsović.

Biblioteka ima više od 100 naslova serijskih publikacija koje omogućavaju praćenje savremenih tokova naučnog rada. U njoj možete naći komplete časopisa koji izlaze više od jednog veka, poput Starinara, najstarijeg srpskog stručnog arheološkog časopisa, koji je pokrenut davne 1884. godine. Razvitak, časopis za društvena pitanja, kulturu i umetnost, izlazi od 1961. godine i dokumentarno beleži događaje bliže i dalje prošlosti, društveni i kulturni razvoj Timočke Krajine, sociološka, istorijska, etnološka i druga istraživanja, i mnoštvo drugih časopisa, tako da je naša biblioteka nesumljiv izvor informacija za domaće istraživače.

Biblioteka ima bogatu zbirku starih novina koje su izlazile u Srbiji u 19. i 20. veku. Iz bogate bibliotečke zbirke izdvajamo: Srbske novine, (1846-1847), Pešta, Srpske ilustrovane novine, (1881-1882), izdanje i vlasništvo štamparije A. Perovića u Novom Sadu, Videlo, (1891-1894), Organ srpske napredne stranke – Beograd, Rad, (1948-1950), Novinsko preduzeće ”Rad” Beograd, Naš život, (1951), Oblasni odbor Narodnog fronta Zaječar, Književne novine, (1950), Organ saveza književnika Jugoslavije – Beograd.

Brojni su naslovi lokalne štampe koji su izlazili u Negotinskoj Krajini od 1890. godine. U fondu naše biblioteke možete naći sledeće naslove: Krajinac, Organ krajinskih radikala, nekoliko brojeva iz 1903. i 1905. godine, Drndalo, list za šalu i zabavu, (1928-1929), vlasnik i odgovorni urednik Živojin LJ. Jakovljević, Glasnik Veljkove Krajine, list za kulturno i ekonomsko podizanje Veljkove Krajine, (1934 – 1937), izdavač i i vlasnik Radoslav LJ.Romanov, Krajinske novosti, (1930 – 1935), vlasnik i odgovorni urednik doktor Aleksandar Todorović, Krajinski glasnik, (1933-1934), vlasnik i izdavač Živojin LJ. Jakovljević, Krajina, (1952-1960), vlasništvo sreskog i gradskog odbora SSRN-a Krajinskog sreza, Krajina, (1979-1991), izdavač Radna organizacija za informativnu izdavačku delatnost ”Krajina” Negotin.

U stalnoj postavci Muzeja Krajine izloženi su pojedini brojevi lokalne štampe koji su izlazili u Negotinu krajem 19. veka (Krajinac, Organ krajinskih radikala, od 15. maja 1893. godine) i početkom 20. veka (Krajinac, radikalni organ, od 6. jula 1903. i Krajinac, Organ krajinskih radikala, od 29. aprila 1906. godine), koji nam dokumentuju razvoj političkog života u Negotinskoj Krajini.

Od 2015. godine odeljenje biblioteke preuzima brigu o slikovnoj građi koju većim delom čine  fotografije, razglednice, štampani slikovni materijal Negotina i Krajine, kao i znamenitih ličnosti Srbije. Među autorima fotografija, koje se nalaze u Muzeju Krajine, koji su dokumentovali važne događaje u drugoj polovini 19. i prvoj polovini 20. veka su:  Anastas Jovanović, Petar Đ. Jovanović, Dragomir P. Jovanović, Sotir Mihajlović, Mihajlo Šljivić, Alojz Polak i drugi. Pored navedenih autora treba spomeuti i Negotinca, profesora i rektora Beogradskog univerziteta Đorđa Stanojevića koji je dao značajan doprinos popularizaciji i razvoju fotografije u Srbiji.

Knjige se koriste samo u prostorijama muzeja. Stručnu literaturu iz oblasti arheologije, istorije, istorije umetnosti i etnologije uglavnom koriste zaposleni stručnjaci Muzeja Krajine, ali i drugi građani, istraživači, đaci, studenti sa zahtevima iz različitih oblasti naše zavičajne istorije.